Las áreas más importantes que han producido sospechas entre familias afectadas y profesionales que tiene que ver con el autismo, incluyen los efectos relacionados con vacunas, exposición a metales pesados, sobrecrecimiento de micótico en el sistema intestinal, proteínas tóxicas pobremente metabolizadas y otros aún por definir. Cada una de estas áreas carecen aún de prueba definitiva de las causas que lo producen, aunque existen algunas sospechas.

Debido al hecho de que algunas vacunas son aplicadas en las primeras etapas de la vida del niño, estas han sido incluidas como probables disparadores medioambientales del autismo. Además existe alguna evidencia médica que apoya la tesis de esta causa. Las investigaciones han descubierto grupos de virus de sarampión en tejidos linfático agrandado de los intestinos, en pacientes con autismo y atraso en el desarrollo, que alude a la posibilidad de que la vacuna MMR(por sus siglas en inglés, Measles-Mumps-Rubella Sarampión-Paperas-Rubeola, n del t) podría estar involucrada. Otros investigadores sospechan que el virus de la rubéola  podría constituir una causa, pero existe menos evidencia disponible al respecto. A pesar de esta posibilidad, los efectos de estos virus en un niño que no haya sido vacunado pueden de igual forma causar encefalitis y otros importantes problemas de salud. Por lo tanto, el evitar la vacuna representa un serio riesgo de contagio.

Otra vacuna que podría estar relacionada es el efecto del Thermosal en el desarrollo del cerebro. Este compuesto es un preservante  empleado anteriormente en muchas vacunas y en diferentes cantidades. Se metaboliza en el mercurio etílico que ha sido considerado como posible toxina. Existen evidencias de que los niños autistas tienen menos componente de mercurio en los folículos del cabello y otros tejidos, que el que normalmente elimina el cuerpo. De igual forma, en el caso de un agente enlazante - el mercurio - algunos estudios han demostrado que los niños autistas excretan en mayor medida que lo normal como resultado de la presencia de ese elemento en la orina. Estos factores han llevado a considerar que existe un problema inherente con el metabolismo del mercurio en estos individuos, y que crea en el organismo efectos tóxicos. En años recientes, la adición de las vacunas contra la hepatitis y la varicela a la anterior base de inmunización infantil, podrían reflejar el por qué se ha producido un incremento en la incidencia del autismo. En los últimos tiempos se ha dado un impulso a la fabricación de vacunas sin thermostal, pero incluso en los casos que no reportan su presencia, se han demostrado vestigios de alguna cantidad.

Ya se han discutido las influencias genéticas, pero aún continúa siendo una interrogante la forma en que estas predisposiciones genéticas se traducen en vulnerabilidad. Fuera de los factores medioambientales o externos referidos, existen otros factores poco comunes en el organismo que pueden causar también retraso en el desarrollo. Algunos de estos incluyen los ácidos grasos esenciales, Vitamina B6, magnesio, estrés oxidante y metabolismo serotonina y dopamina.

Los ácidos grasos esenciales están presentes en las grasas que consumimos en nuestra dieta. Con alimentos cada vez más procesado y cada vez menos frutas frescas, carnes y vegetales, el tipo de ácidos grasos que consumimos ha cambiado.

De los ácidos grasos esenciales, los Omega 6 y Omega 3 son los más comunes. En los niños autistas, existe evidencia de una menor presencia de estos ácidos. Ello puede deberse a trastornos en su metabolismo. Se ha demostrado que el Omega 3 es efectivo en la disminución del riesgo de ateroesclerosis y el objetivo del suplemento es el de aumentar la proporción de ingestión de omega 3 a omega 6, mientras que al mismo tiempo aumenta la ingestión de los ácidos grasos esenciales en general. Con este cambio dietético, se ha reportado una mejoría en la función en algunos pacientes.

No existen dudas de que  la Vitamina B6, o piridoxina ha ayuda a los síntomas y características de los niños autistas, los que se ven pronunciados cuando se administra con magnesio. Se piensa que la Vitamina B6 se convierte en piridoxal-5-fosfato, que es una importante coenzima en el paso metabólico de la dopamina. Algunos niños autistas muestran una eliminación de subproductos de la dopamina más alta de lo normal, y también presentan altos niveles de serotonina. Ambas constituyen proteínas neurotransmisoras claves involucradas en muchos procesos a nivel del cerebro, incluyendo el funcionamiento del sistema límbico. Al elevar el suplemento de Vitamina B6 y magnesio, se supone que el flujo de un sistema de enzima metabolicamente deficiente podría permitirle funcionar de manera más óptima y mejorar los síntomas. Exísten otras coenzimas que pueden ser también beneficiosas, como: la Vitamina C, la tetrahidrobiopterina y la metionina S-adenosil (SAM, por sus siglas en inglés, n del t).

Por último, también se han realizado estudios que apoyan la hipótesis de que los niños autistas son víctimas de un elevado estrés oxidante. Esto significa que corren el riesgo de presentar tejido dañado a partir de los subproductos metabólicos normales, que pueden convertirse en elementos “tóxicos” si no son “absorbidos”. En los exámenes realizados a grupos de individuos autistas, algunos han presentado niveles inferiores de químicos antioxidantes inherentes normales, que se piensa son menores debido a la gran cantidad de químicos de estrés oxidante y radicales libres en su organismo. En este sentido, los antioxidantes como la Vitamina A, la Vitamina E, la Vitamina C y el selenio, pueden ser agentes beneficiosos.